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Seurat 라이브러리 치트시트(Cheatsheet)

R

Tip

scRNA-seq

Bioinformatics

Seurat

Cheatsheet

Seurat 은 scRNA-seq 분석에서 가장 널리 사용되는 R 패키지로, 다양한 기능을 통해 데이터를 처리하고 시각화합니다. 이 문서는 주요 명령어와 기능을 요약하여 사용자가 데이터를 효율적으로 다룰 수 있도록 지원합니다. 특히, 데이터 로드, 전처리, 클러스터링 및 시각화와 같은 일반적인 작업에 대한…

GSE에서 sc-RNAseq 데이터 가져오기

Python

Gene Expression Omnibus

scRNA-seq

Bioinformatics

GSE 데이터베이스는 고처리량 유전자 발현 데이터, 특히 유전자 발현 옴니버스(Gene Expression Omnibus) 데이터의 저장소입니다. 이는 국립생물공학정보센터(NCBI)에서 관리하는 무료 온라인 데이터베이스로, 연구자와 과학자들이 유전자 발현 데이터를 공유하고 접근하는 데 널리 사용됩니다. 이…

임상 통계학

Clinical trial

Statistics

다음은 책 ” 강승호, 신약개발에 필요한 임상통계학, 자유 아카데미, 2022” 을 읽고 요약 정리한 것으로 많은 설명은 perplexity 를 사용해 덧붙였습니다. 책 전체 내용을 요약하지는 않았기 때문에 더 자세한 내용에 관심이 있으다면 책을 한번 읽어보시길 바랍니다.

인과 관계 추론을 위한 기본 규칙

Python

Causal inference

현실 데이터에서 인과 관계를 관찰할 수 있는 연관성 및 상관관계에 대한 기본 규칙에 대해 알아봅니다. 각각의 규칙을 최대한 쉽게 이해할 수 있도록 간단하게 설명한다음 매우 간단한 파이썬 코드를 사용해 어떻게 작동하는지 살펴봅니다.

scRNA-seq 소개

scRNA-seq

Bioinformatics

Tip

얼마전 뉴욕 타임즈에 A.I. Is Learning What It Means to Be Alive 라는 제목의 기사가 공개되었습니다. 해당 기사에서 에 scRNA-seq 기초 모델이 단일 세포 RNA 시퀀싱 (scRNA) 데이터를 해석, 사용, 적용하는 방식을 어떻게 변화시킬 수 있는지에 대한 이야기가…

.DS_Store 파일 관리

Productivity

Tip

MacOS

Git

.DS_Store 파일은 다른 OS 로 데이터를 공유하는 과정에서 전달되는 경우가 많고 불필요한 정보까지 옮겨 질 수 있습니다. 그래서 아래와 같이 삭제해서 데이터를 옮기거나 자동 생성을 방지하는 작업이 필요합니다.

사보타지 매뉴얼

Productivity

Tip

2008 년에 CIA 에서 공개한 Simple Sabotage Field Manual 의 번역본입니다. 문서가 1944 년도에 작성된 것이다보니 현재와는 맞지 않는 내용이 많습니다. 그래도 읽다보면 재치 있는 부분도 있고 읽어볼 가치가 있는 팁들인 것 같습니다. 특히 직장에 관련된 내용은 그때나 지금이나 별반…

Rosalind Armory 문제풀이

Python

Rosalind

Bioinformatics

Tip

생물 정보학 분석을 위해 사용할 수 있는 소프트웨어는 이미 많습니다. Rosalind_Stronghold 에서는 알고리즘을 직접 구현했다면, 여기 Rosalind_Armory 에서는 이미 존재하는 도구를 사용하여 비슷한 문제를 풀어봅니다.

실험실 프로토콜 모음

Wet lab

Tip

Protocols

이곳에는 실험 방법에 대한 간략한 정보가 있습니다. 계속해서 자주 사용하는 프로토콜들을 정리할 예정입니다.

Rosalind Textbook track 문제풀이

Python

Rosalind

Bioinformatics

Tip

Phillip Compeau 와 Pavel Pevzner 가 쓴 책 “능동적 접근 방식의 생물정보학 알고리즘” 에서 제공되는 연습 문제 모음입니다.

Rosalind Stronghold 문제풀이

Python

Rosalind

Bioinformatics

Tip

생물정보학의 다양한 주제인 질량 분석, 서열 정렬, 동적 프로그래밍, 게놈 어셈블리, 계통 발생, 확률, 문자열 알고리즘 등의 기초가 되는 알고리즘에 대해 알아봅니다.

Rosalind Algorithmic Heights 문제풀이

Python

Rosalind

Bioinformatics

Tip

Dasgupta, Papadimitriou, Vazirani 의 책 “알고리즘” 에 포함된 연습문제의 모음입니다.

문자열 인코딩 문제

Python

R

Character encoding

Text encoding

Data science

Tip

문자 인코딩은 원시 바이너리 바이트 문자열 (예: 0110100001101001) 을 사람이 읽을 수 있는 텍스트 (예: “hi”) 로 매핑하기 위한 특정 규칙 집합입니다. 문자 인코딩은 다양하기 때문에 원래 작성된 인코딩과 다른 인코딩으로 텍스트를 읽으려고 하면 모지바케이 (mojibake; 알수 없는…

머신러닝을 위한 수학

Machine Learning

Mathmatics

Data science

책 “아카이시 마사노리, 딥러닝을 위한 수학, 위키북스, 2020”을 읽고 저자가 정리한 딥러닝을 위한 수학의 최단기 코스 목차를 참고해 내용을 하였습니다. 더 자세한 설명과 파이썬 코드를 알고 싶으시다면 책을 읽어보시는 걸 추천드립니다.

DockQ로 도킹 모델 품질 측정하기

Bioinformatics

Tip

Docking

DockQ 는 단백질, DNA 및 저분자 화합물 도킹 모델에 대한 품질을 측정하는 도구입니다. DockQ 점수는 0 에서 1 까지의 범위로 측정되며 품질은 아래와 같이 정의됩니다.

마음챙김과 효율을 위한 생산성 디버깅

Productivity

Tip

우리 모두 경험하고 있습니다. 일을 하려고 자리에 앉았는데 갑자기 휴대폰이 울리는 거예요. 어느새 고양이 동영상과 나무 위키 문서를 보게 되죠. 그러고 나면 하루가 어떻게 지나갔는지 벌써 저녁입니다. 낯익은 이야기인가요?

오픈 소스 PyMOL 설치하기

Python

Protein engineering

Visualization

Tip

PyMOL 은 생화학과 분자 생물학에서 자주 사용되는 분자 시각화 소프트웨어입니다. 단백질, 핵산, 소형 화합물 등의 3D 구조를 시각화하고 분석하고 그래픽 렌더링 기능을 통해 고품질의 이미지를 생성할 수 있습니다. PyMOL 에는 오픈 소스 버전과 PyMOL by Schrödinger(상업 라이센스) 가…

pip 대신에 uv 사용하기

Python

Package manager

Virtual environment

Data science

Tip

pip 는 파이썬 패키지 관리자로 유용하지만 아래와 같은 몇 가지 근본적인 문제가 있습니다. 특히 패키지 의존성과 환경 관리는 문제가 터지면 해결하기가 아주 어렵습니다.

Scanpy로 scRNA-seq 분석 07

Python

scRNA-seq

Bioinformatics

Scanpy

Workshop

공간 전사체 분석은 종양 연구에서 매우 중요한데 종양 미세환경 내의 세포들(종양 세포, 면역세포, 혈관세포 등)과 그들의 상호작용을 이해하는 데 도움이 되기 때문입니다. 특히 공간에서 일어나는 유전자 발현 패턴이 특정 치료제나 면역 치료에 대한 반응성을 예측할 수 있다고 믿어지기 때문에 더욱 더 중요해지고…

Scanpy로 scRNA-seq 분석 06

Python

scRNA-seq

Bioinformatics

Scanpy

Workshop

세포 유형의 발달 궤적을 분석하고 시각화하는 것은 생물학 연구에서 매우 중요한 과정입니다. 특히 단일 세포 전사체 분석(single-cell transcriptomics)의 발전으로, 개별 세포의 발달 경로와 상태 변화를 더 정밀하게 추적할 수 있게 되었습니다. 이러한 분석을 위해 다양한 기법들이 사용되는데…

Scanpy로 scRNA-seq 분석 05

Python

scRNA-seq

Bioinformatics

Scanpy

Workshop

클러스터링으로 scRNA-seq 데이터를 여러 그룹으로 나눈 뒤에는 해당 그룹이 어떤 세포인지 아는 것은 분석 결과를 해석할 때 중요합니다. 세포 유형을 예측하는 방법에는 크게 두 가지 방법이 있습니다. 레퍼런스 scRNA-seq 데이터를 사용해 유사도를 비교하는 방법과 알려진 마커 유전자를 사용해 직접 세포…

Scanpy로 scRNA-seq 분석 04

Python

scRNA-seq

Bioinformatics

Scanpy

Workshop

클러스터링으로 scRNA-seq 데이터를 여러 그룹으로 나눈 뒤에는 해당 그룹이 어떤 세포인지 아는 것은 분석 결과를 해석할 때 중요합니다. 세포 유형을 예측하는 방법에는 크게 두 가지 방법이 있습니다. 레퍼런스 scRNA-seq 데이터를 사용해 유사도를 비교하는 방법과 알려진 마커 유전자를 사용해 직접 세포…

Scanpy로 scRNA-seq 분석 03

Python

scRNA-seq

Bioinformatics

Scanpy

Workshop

scRNA-seq 기술의 발달로 개별 세포 수준에서의 유전자 발현 데이터를 얻는 것이 가능해졌습니다. 세포 수준의 데이터는 생명과학 연구에서 세포 유형 및 기능적 특성을 이해하는데 중요한 정보를 제공합니다. 그러나 동시에 데이터가 너무 방대하고 복잡해 새로운 분석 도구와 알고리즘이 필요하게 되었습니다. 이번…

Scanpy로 scRNA-seq 분석 02

Python

scRNA-seq

Bioinformatics

Scanpy

Workshop

이번 실습에서는 데이터의 시각화를 위한 차원축소 방법인 PCA, tSNE, UMAP등에 대해 배우고 배치 효과를 제거해서 여러 데이터셋을 통합하는 방법에 대해 살펴봅니다.

Scanpy로 scRNA-seq 분석 01

Python

scRNA-seq

Bioinformatics

Scanpy

Workshop

단일 세포 RNA 시퀀싱(single-cell RNA sequencing, scRNA-seq)은 개별 세포의 전사체(transcriptome)를 분석하여 세포 간의 이질성을 탐구하는 강력한 도구이지만, 기술적 잡음과 변동성이 높아 데이터 품질 저하의 위험이 큽니다. 따라서 낮은 품질의 데이터를 사용하면 잘못된…

어떻게 데이터 과학은 작동하는가?

Data science

Tip

데이터 과학(Data science)은 데이터를 수집, 처리, 분석하여 유의미한 정보를 추출하고 의사결정을 지원하는 과정입니다. 데이터 과학자들은 통계학, 컴퓨터 과학, 기반 지식을 융합해 데이터를 활용한 문제 해결과 혁신을 가능하게 합니다. 이제 데이터를 어떻게 분석해야 하는지에 간략하게 알아보죠.

Marsilea로 복잡한 시각화 처리하기

Python

Data science

Bioinformatics

Visualization

이 튜토리얼은 Python의 기본 지식을 갖고 있고 NumPy와 Matplotlib을 사용하는 방법을 알고 있다고 가정합니다. 특히 Matplotlib에서 Figure 및 Axes의 개념에 대해 알고 있는 것이 좋습니다.

Scanpy로 gene_id를 gene_symbol로 변경하기

Python

scRNA-seq

Bioinformatics

Scanpy

공개된 scRNA-seq 데이터를 다운로드 하다보면 gene_symbol을 포함하지 않고 gene_id만 있는 경우를 만나게 됩니다. 그런 경우 몇가지 불편한 점이 생깁니다. 예를 들면 해석의 어려움으로 gene_id만 있는 데이터셋은 사람이 직관적으로 해석하기 어렵습니다. 반면에 gene_symbol은 보다…

미니멀한 폴더 정리: PARA method

Productivity

Tip

문서를 손쉽게 정리할 수 있는 간편한 시스템에 대해 생각해보세요. 문서 정리 시스템은 정보를 정확히 분류하여 필요할 때 빠르게 찾을 수 있어야 합니다. 그리고 간편해야 하며 유지보수도 쉬워야 합니다. 뿐만 아니라 다양한 장소와 플랫폼에서 사용할 수 있어야 합니다.

RDS 객체를 10X MEX 형식으로 저장하기

R

scRNA-seq

Bioinformatics

Seurat

이전 글에서는 Scanpy를 사용해 10x genomics의 10X MEX 포멧의 원시데이터를 불러오고 다시 10X MEX format형식으로 내보내는 내용을 살펴봤습니다. 이번에는 Seurat을 사용해 동일한 작업을 해봅니다.

AnnData 객체를 10X MEX 형식으로 저장하기

Python

scRNA-seq

Bioinformatics

Scanpy

단일세포 RNA 시퀀싱(scRNA-seq) 데이터 분석의 양대 산맥인 Scanpy와 Seurat은 서로 다른 파일 형식으로 데이터를 저장합니다. 더구나 프로그래밍 언어도 다르다 보니, 서로 데이터 변환이 쉽지 않습니다.

의존성 지옥에 빠진 당신을 구하러 온 Pixi

Python

Package manager

Virtual environment

R

Tip

파이썬 의존성 문제는 프로젝트가 의존하는 패키지들 간의 충돌, 버전 관리의 어려움, 시스템 환경에 따른 호환성 문제 등으로 나타납니다. 다음과 같은 상황에서 의존성 지옥이 발생할 수 있습니다.

scRNA-seq 데이터 QC하기

Python

scRNA-seq

Bioinformatics

Scanpy

scRNA-seq 데이터에는 두 가지 중요한 특성이 있습니다. 첫째, scRNA-seq 데이터는 드롭아웃이 발생하는데, 이는 mRNA으로 인해 데이터에 0이 과도하게 많다는 것을 의미합니다. 둘째, 생물학적 복잡성으로 인해 얻은 데이터를 보정하고 품질 관리에 제한이 존재합니다. 따라서 생물학적 의미를 과하게…

10X genomics scRNA-seq alignment

Python

Bioinformatics

scRNA-seq

Cellranger

다음과 같은 몇가지 가정을 하고 시작하겠습니다.

miniforge: 파이썬과 R의 패키지 및 개발 환경 관리 도구

Python

Package manager

Virtual environment

Tip

R

파이썬과 R에는 유용한 패키지들이 아주 많습니다. 그러다보니 여러 패키지들이 버전이 서로 충돌하거나 호환되지 않는 경우가 발생하곤 합니다. 예를 들어 A 패키지가 B 패키지 1.0 버전에 기반해 만들어졌는데 C 패키지가 B 패키지 2.0 버전을 요구한다면 A와 C를 동시에 사용할 수 없는 경우가 생깁니다.

파이썬 statsmodels로 통계분석

Python

Statistics

Stat

통계적 추론이라는 것은 제한된 실험 데이터에서 얻은 결과를 모집단에도 적용하려는 것입니다. 이번 포스트에서는 통계적 추론에 사용되는 검정법을 배워봅니다.

파이썬 통계분석하기

Python

Stat

Statistics

통계 계산을 위한 프로그래밍 언어에 R 프로그래밍 언어(줄여서 R)가 있는데, 왜 파이썬을 써야 할까요?

Seurat으로 scRNA seq데이터 분석하기

R

Data science

Bioinformatics

Seurat

scRNA-seq는 single-cell RNA sequencing의 줄임말로, 하나의 세포에서 mRNA를 측정하는 방법입니다. 이 기술은 기존 bulk RNA-seq 방법과는 달리 하나의 세포에서 RNA를 추출하여 분석합니다. 이를 통해, 개별 세포의 유전자 발현 패턴, 전사체 감지, 변형과 발현의 상호작용…

ggpubr로 논문에 사용할 플랏그리기

R

Data science

Bioinformatics

Visualization

모든 내용은 공식문서에서 간추린 것입니다. 자세한것은 공식문서를 읽어주세요.

파이썬 Pingouin으로 통계 분석하기

News

Python

Data science

Stat

Statistics

Pingouin은 간단하지만 완전한 통계 기능를 위해 설계되었습니다. 예를 들어 기존의 SciPy 패키지의 ttest_ind 함수는 T-value과 p-value만 알려주지만 Pingouin의 ttest 함수는 T-value, p-value뿐만 아니라 자유도, 효과 크기(Cohen ’s d), 95% 신뢰…

Jupyter notebook 소개

News

Jupyter

Python

ipython는 파이썬을 위한 향상된 대화형 커맨드라인 콘솔입니다. Jupyter notebook은 그것에서 보다 발전된 형태로 코딩과 문서화를 동시에 해서 생산성을 극대화 하는 도구입니다. 이 블로그도 jupyter notebook을 기반으로 해서 만들어 졌습니다.

파이썬과 R 개발 환경 설정하기

R

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Bioconductor

Python

Tip

Data science

파이썬은 아주 인기있는 프로그래밍 언어로, 웹 사이트는 물론 게임, 과학용 소프트웨어, 그래픽 소프트웨어 등 다양한 것을 만들 수 있습니다. 파이썬은 1980 년대 후반에 귀도 반 로썸 프로그래밍 언어를 기계 뿐만 아니라 인간도 읽을 수 있도록 만들고자 탄생한 언어입니다. 파이썬이 다른 프로그래밍 언어보다…

깔끔하게 데이터 정리하기

News

Python

Data science

Tidy data

우리는 데이터 분석을 수행하면서 다양한 데이터 변환 작업을 수행하게 된다. 이는 데이터가 원래 특정 분석을 염두에 두고 만들어지는 경우가 거의 없기 때문이며, 사실 애초 데이터 설계를 할 때 분석 목적을 알기도 불가능하다는 게 가장 큰 원인이 아닐까 한다. 이런 연유로 전체 데이터 분석 작업에서 70% 혹은…

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